ロボットによって全ての世話をしてくれる夢のような空中都市メトロシティ。そこで生活をしているテンマ博士の息子トビーは、ピースキーパーの実験中の事故によって命を落としてしまう。 悲嘆にくれるテンマ博士はトビーの姿と記憶を持ち、究極のエネルギー『ブルーコア』を搭載した人間にそっくりなロボットを作り上げた。しかし、息子として迎え入れたもののどこか本物とは違うことを痛感したテンマ博士は彼を拒絶してしまう。 自分がロボットであることを知りブルーコアを狙うストーン大統領にも追われ地上へ落ちた彼は、コーラたち地上に住む子供達と出会い「アトム」と名乗り、自分の居場所を探すために彼らと暮らすこととなった。

The interplanetary spacecraft Galileo II carries Atom and his friends to Titan, a satellite of Saturn. However, what awaits them when they arrive there is an attack from an unknown entity. What appears is a mechanical life form called "Igza" that wants to destroy humans. The battle between Atom and Igza unfolds in the far reaches of space.

2032年。地球の宇宙船が謎の爆発、そしてそこから射出された赤ん坊の乗ったカプセルは変身能力を備えた人々が暮らすゾービ星に不時着した。赤ん坊は、星のゾービ王と后のタスカからバンダー王子の名をもらい、本当の息子のように育てられる。そんなバンダーを、王の実の娘ミムルは兄ではなく、1人の男性として愛していた。ある日、バンダーは自分が宇宙でも有数の争い好きな生物・地球人という事実を知ってしまう・・・。

2002年、人類最先端の海底超特急「マリンエクスプレス」の開業を前に、招待客を乗せて試運転が行われようとしていた。 日本へ向けロサンゼルスを発車した超特急に乗り込んだのは、日米の計画責任者と関係者たち。その中には列車に忍び込んだ殺人犯を追ってきた私立探偵、計画を成功させることに情熱をもった若い運転士、密かにマリンエクスプレスの破壊を計画する関係者、それに試運転を利用し武器の密輸を企む一団などがいた。 様々な思惑を乗せて走る列車は数々のアクシデントに遭遇し、やがては太古の世界のムー帝国とインベーダーとの争いにも巻き込まれて行く。