Usvedčený vrah Callum Lynch je nedobrovoľne vyslobodený z cely smrti len preto, aby sa stal súčasťou storočného boja medzi asasínmi, templármi a španielskymi inkvizítormi. Jeho novým väzením sa stáva tajné zariadenie Abstergo vybavené revolučnou technológiou Animus, ktorá odhaľuje v ľudskej DNA genetické spomienky a tým umožňuje vrátiť sa a prežiť spomienky predkov, ktoré boli doteraz stratené v minulosti. Callum sa vďaka Animusu prepojí so svojím predkom žijúcim v Granade a Seville v období španielskej inkvizície v 15. storočí. Volá sa Aguilar de Nerha a je členom bratstva asasínov, ktoré už niekoľko storočí vedie skrytú vojnu s templármi, svojimi odvekými nepriateľmi. Tajná organizácia asasínov sa zaviazala chrániť slobodnú vôľu ľudstva a snaží sa zabrániť tomu, aby sa templári s pomocou inkvizície zmocnili mocného artefaktu nazývaného Jablko Raja. A práve tento artefakt je podľa presvedčenia templárov nástrojom na ovládnutie celého sveta.