Callum est condamné à mort pour meurtre. Après son exécution, il est recueilli par une équipe de scientifiques qui cherchent à l'utiliser pour voyager dans le temps. Callum est dans la lignée des Assassins, une tribu qui s'oppose aux Templiers qui désirent mettre la main sur une pomme ancestrale afin d'asservir l'humanité. En retournant en 1492 dans la peau de son ancêtre, Callum doit retrouver un important garçon et éviter que la pomme ne tombe entre de mauvaises mains. En passant régulièrement du passé au présent, le prisonnier en apprend de plus en plus sur les intentions de ses sauveurs.