Arkeologit ovat löytäneet eri sivilisaatioiden tekemiä kaiverruksia ja luolamaalauksia, joissa palvotaan samaa tähtikuviota ja jättiläismäisiä hahmoja. Kaivauksia Skotlannissa johtavat Elizabeth Shaw ja hänen miehensä Charlie vakuuttuvat, että kyseessä on ulkoavaruuden olentojen jättämä viesti ihmiskunnalle. Pariskunta epäilee, että olennot olisivat ihmisen kehityksen takana - luolamaalaus puhuu evoluution ja avaruusolentojen muinaisen yhteyden puolesta. Tähtikuvio paikallistetaan ja sen luokse lähetetään teollisuusbiljonääri Peter Weylandin rahoittama tutkimusalus Prometheus. Arkeologiparin ohella miehistön ytimeen kuuluvat yhtiön etua raivokkaasti valvova Meredith Vickers sekä Weylandin itsensä suunnittelema superälykäs, ihmistä täysin muistuttava David-androidi, jonka inhimillisyys ei kuitenkaan kata kaikkia tunnetiloja. Prometheus vie tutkimusryhmän universumin pimeimpään ja syrjäisimpään kolkkaan, jossa heitä odottaa taistelu koko ihmiskunnan tulevaisuuden puolesta.

When Charles Darwin published his theory of evolution nearly 150 years ago, he shattered the dominant belief of his day – that humans were the product of divine creation. Through his observations of nature, Darwin proposed the theory of evolution by natural selection. This caused uproar. After all, if the story of creation could be doubted, so too could the existence of the creator. Ever since its proposal, this cornerstone of biology has sustained wave after wave of attack. Now some scientists fear it is facing the most formidable challenge yet: a controversial new theory called intelligent design.