Een eicel wordt genetisch gemanipuleerd met buitenaards DNA. Heel vlug groeit er uit de eicel een verleidelijke, intelligente vrouw. Maar als blijkt dat het experiment uit de hand loopt, moet het worden stopgezet. Ze ontsnapt echter uit het laboratorium. Kost wat kost wil ze zo vlug mogelijk paren en zich voortplanten om de mensheid uit te roeien.

Royal Air Force-piloot luitenant Kate Sinclair is op haar laatste vluchtmissie wanneer haar straalvliegtuig wordt neergeschoten boven een van de gevaarlijkste rebellenbolwerken in Afghanistan. Ze vindt haar toevlucht in een verlaten ondergrondse bunker waar dodelijke, door mensen gemaakte wezens bekend als Ravagers, half mens, half buitenaards en hongerig naar mensenvlees, worden gewekt.

Astronauten Dennis Gamble (Mykelti Williamson) en Patrick Ross (Justin Lazard) maken deel uit van de eerste bemande missie naar Mars. Ross raakt daar geïnfecteerd met een buitenaards wezen en begint langzaam te muteren. Wanneer ze terugkeren op Aarde moeten de overgebleven teamleden uit de eerste film samenwerken met de nu vriendelijke, genetisch gemanipuleerde Sil (Henstridge) om hem te pakken te krijgen.

De carrière van de universiteitsprofessor Miranda Hollander is in gevaar nadat zij op een mysterieuze wijze een blackout heeft gehad, wat haar een verdachte maakt in een verschrikkelijke moord. Slechter nog, zij ontdekt van haar oom dat zij een half-mens en kloon van een half buitenaards wezen is. Zoekend naar antwoorden in Mexico, beginnen de twee een gevecht tegen de hybridisch wezens zoals Miranda zelf.

Een oud ruimtestation van de Sovjet-Unie stort neer in de metrotunnel van New York. Daarna wordt er een nieuw soort giftige spinnen ontdekt die naar een zeer groot formaat muteren. De spinnen zaaien dood en verderf in de stad, maar hoe kunnen ze gestopt worden?