Den nye historie følge det crypto-zoologiske agentur Monarchs heroiske handlinger, mens de står ansigt til ansigt til et galleri af monstre af guddommelig størrelse, inklusiv den mægtige Godzilla, som kolliderer med Mothra, Rodan og hans ultimative fjende, den trehovedet King Ghidorah. Når disse oldgamle superarter - som alle troede var myter - rejser sig igen, kappes de alle om overherredømme, alt imens menneskehedens eksistens hænger i en tynd tråd.

A 17th-century Caribbean port rumored to have frequented by pirates rises from the ocean floor, where it came to rest after an earthquake many years before. A scientist wants to study it, some thugs want the treasure alleged to be stored there, a bunch of mutated giant crabs living there attack them all.