上一部结尾，尼奥终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂，舰长墨菲斯回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

詹妮弗和她的丈夫搬进了一间公寓，以前是由一个旧吉普赛媒体，发现她的自动写作设备，她用来与精神世界对话的神谕。詹妮弗举办了一个乔迁派对，与在场的朋友们联系了一个要求正义的被谋杀的男人。幽灵恐吓她，操纵她调查他的死亡。这使得谋杀她的凶手，这名男子的前妻和商业伙伴怀疑詹妮弗的动机，他们重新雇用杀手，他们以前用来谋杀她…