Æon Flux se desarrolla en un extraño, distópico, mundo futuro lleno de criaturas mutantes, clones y robots. La protagonista es una chica alta, vestida de cuero, agente secreta de Monica, habilidosa acróbata y asesina. Su misión es infiltrarse en la fortaleza del país vecino de Bregna, el cual es liderado por su ocasionalmente enemigo y ocasionalmente amante Trevor Goodchild. Monica aparentemente representa una sociedad anarquista dinámica, mientras que Bregna encarna un estado centralizado, planeado científicamente.