Ghost Dog jest płatnym mordercą, pracującym dla najważniejszego bosa włoskiej mafii. Podczas porachunków gangów przypadkowo z opresji ratuje go inny gangster. Ghost Dog jako wyznawca zen i zwolennik kodeksu samurajskiego bushido, całkowicie oddaje się w ręce swego wybawiciela. Pracując dla niego, przeciwstawia się włoskiej mafii.

Japonia, rok 1614. Dwa rywalizujące ze sobą od setek lat rody ninja (shinobi), zostają zmuszone przez shoguna do stoczenia walki na śmierć i życie. Każdy z rodów wystawia do pojedynków pięciu najlepszych wojowników ninja, dysponujących unikalnymi i jedynymi w swoim rodzaju, nadludzkimi umiejętnościami.

An innocuous comment during a weapon inspection wounds the pride of low-ranking samurai Shinpachi, leading to an argument with his superior. The situation snowballs out of control, leading to a deadly duel and political fallout which threatens the entire clan. Declared mentally unstable by the corrupt authority, Shinpachi begins his descent into true insanity…

A noble samurai serving the Shogun as 'Kogi Kaishaku-nin' (Official Executioner) is the target of a plot by the evil Yagyu Clan to take away his position and replace him with a member of their own family. When his wife is murdered and evidence is produced that he was plotting against the Shogun the Code of Bushido calls for him and his son to commit sepuku. Instead he defies the Shogun's orders and takes up arms against his enemies, becoming an assassin for hire.