南太平洋の孤島にある古代の石像が大阪万博に出展されることになり、移設作業が行なわれることになった。島の文化使節はたたりを恐れて反対するが、作業は強行される。やがて石像が運ばれた跡地から、魔獣ジャイガーが出現する。石像は魔獣の封印石だったのだ。石像を追って日本へ向かったジャイガーは大阪の街を破壊しながら万博会場に迫る。そこへ正義の怪獣ガメラが立ちはだかるが、ジャイガーはガメラに卵を産み付ける。