Pestkoppen richten zich vaak op iemand die zwak is – iemand die precies op Yûgi Muto lijkt. Hij koestert zijn Millenniumpuzzel, een oud Egyptisch artefact dat naar de spelwinkel van zijn grootvader werd gebracht. In de overtuiging dat het oplossen van de puzzel hem zijn wens zal vervullen, voltooit hij de puzzel en laat hij een nieuwe persoonlijkheid in hem los, de ziel van de 'King of Games'. De nieuwe persoonlijkheid genaamd Yami Yûgi is precies het tegenovergestelde van Yûgi. Bij enig onrecht jegens hem neemt Yami Yûgi het lichaam van Yûgi over en dwingt de tegenstander tot een 'Schaduwspel'.

Nao Kanzaki, a student, was blackmailed into joining a "Liar Game" and ended up losing 100 million yen. In order to repay the debt, she enlists the help of Shin'ichi Akiyama, a genius swindler who was only recently released from jail for bankrupting one of Japan's largest scam companies.

Twaalf deelnemers gaan zes nachten en zeven dagen lang de strijd aan met humor, strategie en wijsheid. Wie wordt gekroond tot de ultieme winnaar?

The anime centers around a boy named Kouta Kouka (Kouka Kouta in Japanese name order, an apparent wordplay on Coca-Cola). Kouta strives to be the world's best Bottle King at the Bottle Battles in the virtual Drink World. He comes across his Bottleman partner Colamaru and then wages battles with various rivals.

In Big Money City, players participate in "Hero Battles" using Bankfon Gs, which allows them to rent powerful hero suits and fight battles against other players, receiving power boosts from the system's public domain feature. Kaito Goushou, a young elementary school student who is always eager to help others, ends up hastily signing a contract to rent the powerful unlisted hero suit, "Enter the Gold," from a mysteriously seedy priest named Sennen; however, he soon learns that the suit comes with a debt of 10 billion yen, and Kaito must now clear his dues by winning Hero Battles.