五年前的“旧金山事件”虽已平息，但是帝王组织对泰坦巨兽的研究从未停止。这一日，位于61号基地的巨兽摩斯拉破茧而出。艾玛·罗素博士（维拉·法米加 Vera Farmiga 饰）利用手中的声波设备与暴走的摩斯拉建立联系，可是突然闯入的雇佣兵却将一切引向不可预测的方向。原来劫走艾玛的艾伦（凯尔·钱德勒 Kyle Chandler 饰），试图借助声波设备唤醒正沉睡在冰川中的远古巨兽基多拉。另一方面，芹泽博士（渡边谦 饰）辗转找到马克（凯尔·钱德勒 Kyle Chandler 饰），希望他能一同救回马克的前妻——艾玛博士。然而事态逐渐失控，在人类欲望的趋势下，巨兽相继苏醒，更大的灾难笼罩在地球上空……
地球联盟的衰落，让晴生开始考虑转投艾克西夫，后者的死之信徒将召唤出能毁灭世界的怪物。
一艘隶属美国的核潜艇在关岛附近消失，后经日本方面证实该潜艇已因事故遇难，而防卫军在调查过程中竟然还在海底发现巨大生物的存在。与此同时，新泻妙高山、鹿儿岛池田湖、小笠原诸岛等地接连发生强烈的地震和人员伤亡事件，关于50年前那头大闹日本的哥斯拉的恐怖记忆相继在人们的脑中复苏。 BS电视台女记者立花由里（新山千春 饰）近期正与同事调查接二连三的怪兽事件，从一个神秘老人的口中得知，所谓哥斯拉其实是太平洋战争中丧生的人们的冤魂聚集而成的怪兽，核潜艇事故引起的核泄漏似乎意外将哥斯拉唤醒。与它一同苏醒的还有被称为护国神兽的巴拉哥、摩斯拉、基多拉。日本本土面临空前的灾难……
1992年，一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员，他们要求直接与日本首脑对话，敦促日本尽快消灭哥斯拉，防止重蹈未来亡国的命运。 专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎（丰原功补 饰）在未来写过《哥斯拉诞生》一书，其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载，未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典（佐佐木胜彦 饰）以及国家超科学研究中心成员三枝未希（小高惠美 饰）乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛，试图将哥斯拉传送到别的地方。 寺泽他们的行动取得成功，但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后，可怕的危机遽然降临……
怪兽们被外星人控制四处肆虐，哥斯拉大闹纽约，拉顿飞往莫斯科，哥罗恐龙从凯旋门地下钻出，之后在外星人控制下，哥斯拉、拉顿、曼达、摩斯拉一同破坏东京，而人类正在找出对付外星人的办法……
地球联合宇宙局发现外太空有个X星球，因为X星球发射电波而发现，宇宙局派出太空船D1前去探查，太空人富士和古连到X星球时却备受礼遇，而X星球的人表示为了消灭在当地作乱的王者基多拉，需要借出哥斯拉和拉顿
小高源吾是个喜爱怪兽的漫画家，但是自己所创作的怪兽往往不被自己的上司所欣赏，某天一个怪兽游乐园的人看中了他的作品于是雇用了小高，起初小高还很高兴的接下了这项工作，但是在过程当中却不断的发生奇怪的事情，也因此使得在怪兽岛的哥吉拉派遣安基拉斯来到日本，结果小高发现这居然是一场阴谋，而且这个阴谋正是以哥吉拉跟地球为目标.......