История рассказывает о героических усилиях криптозоологического агентства «Монарх» по сдерживанию гигантских монстров. В этот раз против могучего Годзиллы выступают Мотра, Родан и ультимативный кайдзю — трёхголовый монстр Кинг Гидора. Когда эти древние суперхищники, со временем превратившиеся в полузабытые мифы, восстают снова, чтобы сойтись в схватке, человечеству остаётся отойти в сторонку и постараться не погибнуть.
Совместными усилиями две цивилизации людей всё-таки одолели самого большого Годзиллу, но он не умер, а погрузился в глубокий сон. В рядах выживших нарастает отчаяние, что гигантский ящер никогда не будет побеждён. Этим решает воспользоваться Мемфис и убеждает людей провести обряд поклонения некоему могущественному Богу, который может одолеть Годзиллу.
У берегов острова Гуам при невыясненных обстоятельствах потерпела крушение американская подводная лодка. Адмирал Татибана убежден, что катастрофа произошла по вине Годзиллы, короля всех монстров, и что спустя почти полвека после первого нападения на Токио Годзилла возвращается, чтобы уничтожить Японию. Чтобы подтвердить или опровергнуть утверждение адмирала, его дочь Юрико, репортер популярной телепрограммы, пытается выяснить, что скрывается за тремя совершенно различными происшествиями, которые случились в трех разных районах страны. Она знакомится с таинственным стариком Исаямой, и он рассказывает Юрико о трех монстрах, контролирующих небеса (Королевская Гибра), морские просторы (Мотра) и земное пространство (Барагон). Только им под силу справиться с разгневанной Годзиллой…
В Японию 90-х годов 20 века прибывают люди из далёкого будущего и заявляют, что если Годзилла не будет уничтожен, то вскоре он станет причиной глобальной ядерной катастрофы. Для устранения такой угрозы они предлагают вернуться в прошлое и ликвидировать Годзиллу до его мутации в непобедимого динозавра. Однако вскоре появляется новая проблема — в лице трёхголового дракона Кинга Гидоры.
1966 год. По заданию ОOН астронавты Глен и Фуджи отправляются исследовать Планету Х. Местные гуманоиды рассказывают астронавтам, что из-за постоянных нападений ужасного Монстра Зеро они вынуждены жить под землей. При очередном нападении астронавты признают в монстре Кинга Гидору. Откликнувшись на просьбу о помощи, c Земли на Планету X доставляют Годзиллу и Родана, где они с честью одерживают победу над монстром. Все бы хорошо, но на самом деле Годзилла и Родан понадобились аборигенам Планеты X совершенно для иной цели…
К 1999 году все гигантские земные монстры (в том числе и Годзилла) оказались пойманы и отправлены на небольшой японский островок для заточения и изучения. Однако группа инопланетян сумела подчинить себе чудовищ, освободить их и вновь направить против человечества. Команде астронавтов поручено в срочном порядке найти и ликвидировать базу злобных пришельцев, пока контролируемые ими монстры не сравняли с землёй все города планеты.
Инопланетные захватчики направляют для порабощения Земли двух космических монстров с дистанционным управлением. В противовес им выдвигается Годзилла и другой динозавроподобный ящер - Ангирус.