Los criptozoólogos de la agencia Monarch se enfrentan a un grupo de enormes monstruos: Godzilla, Mothra, Rodan y el enemigo de la humanidad, King Ghidorah. Estas ancianas criaturas harán todo lo posible por sobrevivir, poniendo en riesgo la existencia del ser humano en el planeta.
La humanidad, sus aliados alienígenas y Godzilla están a punto de llegar a su fin cuando la poderosa entidad Ghidorah llega a la Tierra.
En los años 50, la capital de Japón fue atacada y casi destruida por Godzilla. Desde entonces, Japón ha disfrutado de un gran periodo de paz, pero esa paz se ve alterada cuando un submarino del ejército japonés detecta una extraña silueta en el fondo del mar que recuerda a Godzilla. Nadie acepta tal posibilidad, excepto el Comandante Tachibana quien, en su niñez, fue testigo del ataque de Godzilla, por lo que no descarta el regreso del monstruo atómico.
Dos astronautas, uno norteamericano y otro japonés, viajan hasta el Planeta X, un nuevo astro que ha surgido más allá de Júpiter. Allí descubren una civilización extraterrestre, los X-iens, que vive en un complejo mundo subterráneo protegiéndose de las desastrosas condiciones de la superficie, dominada por una destructiva criatura monstruosa que han bautizado como Monster Zero.
Unas personas de un futuro distante llegan al Japón contemporáneo en una máquina del tiempo para advertir de la destrucción que Godzilla está a punto de desatar. Para prevenir la hecatombe, toman a un psíquico, un escritor y un científico y viajan al momento anterior en que se lanzó la bomba H, en 1944, y ven el Godzillasaurio (lo que era Godzilla antes de la mutación). Luego también aparecen King Ghidorah y Mecha King Ghidora, otros monstruos colosales, que agregan una pizca de pimienta al festín de monstruos en cuestión.
Godzilla une sus fuerzas con Angillus para detener la destrucción que imparten los monstruosos Gigan y Ghidra sobre las ciudades.
En 1999, la UNSC (United Nations Scientific Council) ha reunido a todos los grandes monstruos en una zona de la isla de Ogasawara denominada Monsterland, con el objetivo de estudiarlos a fondo, controlándolos mediante un complejo campo electromagnético. Entre los monstruos kaijus se encuentran nada menos que: Godzilla, Mothra, Ghidorah, Rodan, Baragon, Varan, Kumonga, Manda, Minilla, Gorosaurus y Anguirus. Sin embargo los Kilaaks, una raza extraterrestre, pretende esclavizar la Tierra y boicotea los sistemas de comunicación de la isla y controla mentalmente a los monstruos, que se lanzan a una frenética carrera de destrucción por todo el mundo.