Jakella on takanaan lupaava ura robottipilottina. Hänen isänsä on jäänyt historian lehdille annettuaan henkensä kaijujen kukistamiseksi. Jake on sittemmin hylännyt pilottikoulutuksen ja luisunut rikoksen poluille. Mutta kun vieläkin voimakkaampi uhka panee koko maapallon polvilleen, Jaken sisko Mako Mori, joka johtaa sodan varjossa varttuneita uuden sukupolven pilotteja, etsii Jaken käsiinsä ja antaa tälle viimeisen mahdollisuuden täyttää isänsä saappaat. Ainoa keino oikaista vääryydet on yhdistää kaikki voimat kapinaan tuhon voimia vastaan. Jake saa rinnalleen lahjakkaan kilpailevan pilotin nimeltä Lambert ja 15-vuotiaan robottihakkeri Amaran. Nuorista sankareista tulee pian hänen ainoat läheisensä. Yhdessä he ovat valmiita suuntaamaan mahtavat mittasuhteet saavalle seikkailulle.

Aki isn’t a brave little boy, but he’s dedicated nonetheless to safeguarding his sickly, mute friend Fuyu. They and their little gang live deep underground, in the concrete warrens to which survivors have fled following the eruption of Mt. Fuji. The community is in decline, however, as illness and despair take their toll. Fuyu dreams of the outside world, which he is too frail to ever reach. But what colour is the sky out there?

Jättikokoinen merihirviö nousee syvyyksistä pintaan Atlantin valtamerellä ja uhkaa maapallon olemassaoloa. Yhdysvaltain hallitukselle ei jää muuta vaihtoehtoa, kuin ottaa käyttöönsä joukko armeijan huippusalaisia robotteja. Robotit ja niitä ohjaavat miehet lähtevät taisteluun suojellakseen maataan sen väistämättömältä tuholta. Mutta onko mitään enää tehtävissä?