Un futuro cercano. Después de la primera invasión que sufrió la humanidad, la lucha aun no ha terminado. El planeta vuelve a ser asediado por los Kaiju, una raza de alienígenas colosales que emergen desde un portal interdimensional, con el objetivo de destruir a la raza humana. Ante esta nueva amenaza para la cual los humanos no están preparados, los Jaegers, robots gigantes de guerra pilotados por dos personas para sobrellevar la inmensa carga neural que conlleva manipularlos, ya no están a la altura de lo que se les viene encima. Será entonces cuando los supervivientes de la primera invasión, además de nuevos personajes como el hijo de Pentecost (John Boyega), tendrán que idear la manera de sorprender al enorme enemigo, apostando por nuevas estrategias defensivas y de ataque. Con la Tierra en ruinas e intentando reconstruirse, esta nueva batalla puede ser decisiva para el futuro.

Aki no es un niño valiente, pero aun así está dedicado a salvaguardar a su enfermizo y mudo amigo Fuyu. Ellos y su pequeña pandilla viven bajo tierra, en madrigueras de cemento a las que han huido los supervivientes tras la erupción del monte Fuji. Sin embargo, la comunidad está en declive a medida que la enfermedad y la desesperación pasan factura. Fuyu sueña con el mundo exterior, al que es demasiado frágil para llegar. ¿Pero de qué color es el cielo ahí fuera?

When monsters suddenly appear from the bottom of the Atlantic Ocean, a special team pilots giant robots to combat the new threat.