Den oprørske og engang lovende Jæger pilot Jake Pentecost's far gav sit liv for at redde menneskeheden. Jake har opgivet sin træning og lever i en kriminel underverden. Men da en endnu større og langt mere ustoppelig trussel truer vores byer og bringer verden på randen af sammenbrud, får han en sidste chance af sin søster, som leder en ny generation af modige piloter, som er vokset op i krigens skygge. Deres eneste håb er at stå sammen i en global modstandsbevægelse og tage kampen op mod de kræfter, som ønsker at udslette os. Jake får følgeskab af den piloten Lambert og den 15-årige Jaeger hacker Amara, som bliver hans nye familie.

Aki isn’t a brave little boy, but he’s dedicated nonetheless to safeguarding his sickly, mute friend Fuyu. They and their little gang live deep underground, in the concrete warrens to which survivors have fled following the eruption of Mt. Fuji. The community is in decline, however, as illness and despair take their toll. Fuyu dreams of the outside world, which he is too frail to ever reach. But what colour is the sky out there?

Klodens eksistens bliver truet, da gigantiske monstre dukker op fra Atlanterhavet. For at kunne redde planeten er den amerikanske regering nødt til at mobilisere sine kunstige robotter og gå i krig.