Tudósok elkábítanak és foglyul ejtenek egy szörnyet, aki szerelemre gerjed a főtudós asszisztensnője (Julia Adams) iránt. A magányos szörnyeteg, "a hiányzó kétlaki evolúciós láncszem" megszökik, és elrabolja vonzalma tárgyát. A tudósok vezetője (Richard Carlson) hadjáratot indít, hogy kiszabadítsák asszisztensét, és visszadobják a nyugtalanító szörnyet a mélybe, ahonnét jött. A jól eljátszott és jól megrendezett A Fekete Lagúna szörnye Bud Westmore remekül megtervezett lényével maradandó emléket állít a hollywoodi alkotók zseniális fantáziájának.
A marine biologist and a government agent investigate mysterious deaths and rumors of a sea monster in a secluded ocean cove, and find themselves involved with a marine biology professor conducting secretive experiments, international spies trying to steal his secrets, a radioactive light on the sea bottom, and the malevolent thing which guards it.