L’histoire se déroule lorsque l’Homme Masqué (Tobi) enferme Naruto et Sakura dans un monde parallèle où leur vie est totalement différente. Son objectif : Mettre la main sur Kyuubi. Les retrouvailles avec ses parents est la chose la plus précieuse que Naruto désirait, même si ce n’était qu’un rêve. Maintenant il est enfin prêt pour arrêter l’Homme Masqué et son plan de l’Oeil de la Lune !

Une infirmière timide décide de reprendre sa vie en main en commençant par traquer, secondée par un voisin solitaire, la bande de dégénérés qui a cambriolé sa maison.

Après que sa famille est tué au Japon par des ninjas, Cho et son fils Kane viennent en Amérique pour commencer une nouvelle vie. Il ouvre un magasin de poupée, mais importe sans le savoir l'héroïne dans les poupées. Quand il découvre que son ami a trahi lui, Cho doit se préparer à la bataille finale, il n'a jamais été impliqué.

Akira quitte le Japon pour les Etats-Unis, accompagne de sa femme et ses deux fils. Mais l'endroit ou il reside sert de repaire a un truand qui y dissimule le larcin de ses vols. Sa bande s'en prend a l'epouse du nouveau-venu qui est violee, puis assassinee alors qu'un de leurs enfants est kidnappe. La police s'avere impuissante et il ne reste a Akira qu'une solution : revetir l'habit ninja afin de venger les malheureuses victimes des gangsters...