巨大迷宮から脱出するために3年もの歳月を費やしたトーマスと仲間たちだったが、謎は深まるばかり。捕らわれた仲間ミンホを救い出すため、そして自分たちが閉じ込められた理由を突き止めるために、彼らは決死の覚悟で伝説の迷宮に逆侵入することを決意する。そんな彼らの前に、謎の組織「WCKD」が立ちはだかる。

When a brilliant but obsessive scientist goes to extremes to develop a universal cure for all disease, he finds himself infected with a bizarre parasite that begins to transform him into a bloodthirsty madman. Time running out, he must find a way to stop the monster that is growing within and prevent the rest of the world from being "cured."