En este final de saga, Thomas lidera a su grupo en una última misión. Deberán entrar en la legendaria Last City, un laberinto controlado por WCKD que puede llegar a ser el laberinto más mortífero de todos. Cualquier persona que lo supere obtendrá las respuestas a las preguntas y los protagonistas quieren saber lo que realmente sucede.
Un brillante científico desarrolla una cura universal para todo tipo de enfermedades, pero que en el camino se infecta con un extraño parásito que lo transforma, poco a poco, en un loco sanguinario. Con la ayuda de su ayudante deberá encontrar una forma de detener al monstruo que crece en su interior y evitar que el resto del mundo sea “curado”.