Nachdem Thomas dem Labyrinth entkommen ist und die Brandwüste durchquert hat, sind die Abenteuer für ihn und seine Freunde noch längst nicht ausgestanden. Ein Jahr ist vergangen. Inzwischen haben er, Newt, Minho und Teresa so einiges in Erfahrung gebracht. Sie wissen nun, dass sie Teil eines groß angelegten Experiments waren, mit dem die Organisation Wicked ein Heilmittel für die weltweit ausgebrochene Seuche namens "Der Brand" finden wollte, die Menschen in tollwütige Bestien verwandelt. Thomas gehört zu den wenigen Personen, die gegen den letztendlich tödlich endenden Virus immun sind, und so fällt es nun ihm zu, den Verfall der Menschheit aufzuhalten.

Henry (Robert Brettenaugh) ist ein brillanter Wissenschaftler, der es mit seinen Forschungsmethoden jedoch manchmal zu weit treibt. Um seinem größten Wunsch, ein Medikament zu entwickeln, welches alle Krankheiten auf der Welt heilen kann, zu verwirklichen, schrickt er nicht davor zurück, selbst das Versuchskaninchen zu spielen. Seine Selbstversuche werden immer extremer und schließlich infiziert sich der Forscher bei einem seiner Tests mit einem merkwürdigen Parasiten. Dieser lässt Henry zu einem nach Blut dürstendem Psychopathen werden. Bevor es dem Parasit gelingt, auch weitere Menschen zu befallen und somit eine echte Bedrohung für die Bevölkerung zu werden, muss es Henry gelingen, den Parasiten zu vernichten. Es beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit.