Трое тинейджеров отправляются на лодке в море, чтобы найти пропавшего рыбака, но попадают в шторм и оказываются на острове, который служит базой для террористической организации «Красный Бамбук». Помимо этого в прибрежных водах острова обитает и гигантский краб Эбира. Победить всех врагов может только Годзилла, который по счастливой случайности тоже оказывается неподалёку.

Shipwreck survivors found on the presumably uninhabited Infant Island leads to a scientific expedition that discovers a surviving native population along with the Shobijin, tiny twin fairy priestesses of the island's mythical deity called Mothra. After the fairies are kidnapped by an exploitative businessman named Clark Nelson, Mothra sets out to rescue them.