A történet kulcsfigurája Olivia Dunham, aki mellett az elmúlt éveit elmegyógyintézetben töltő tudós, Walter Bishop, valamint annak fia, Peter Bishop vesz részt a rejtélyes ügyek felderítésében. Eközben a háttérben egy nagyobb, világméretű összeesküvés képe rajzolódik ki, egy olyan kísérletsorozat, melyről kormányügynökségek és magánvállalatok is tudnak, s a szálak a legmagasabb körökig vezetnek.

Albert Einstein és más megbízható tanácsadók segítségével, Harry S. Truman elnök megbízást adott a Pacific Northwest egy távoli területének egy szuper titkos lakóhellyé fejlesztésére, ami arra szolgálna, hogy nevelje és védje Amerika legértékesebb szellemi erőforrásait. Hogy ott dolgozzanak a nemzet gondolkodói és zsenijei a következő tudományos és technológiai korszakon, hogy ott éljenek és dolgozzanak egy támogató környezetben. Így született meg a város melynek neve: Euréka.

A titkok könyvtára a vele megegyező című film folytatása; Flynn Carsen (Noah Wyle) könyvtáros utódjainak mágikus kalandjait és veszélyes küldetéseit mutatja be. A fantasy-akció története a világhírű Metropolitan Könyvtár alatt folytatódik, amely olyan tudósok és kalandorok több száz éves főhadiszállását rejti, akik veszélyes és mágikus ereklyéket gyűjtenek és juttatnak vissza a Könyvtárba. Egy ősi testvériség viszont a Könyvtár és a Könyvtárosok vesztét akarja, így háborút hirdet az emberiség ellen. Ezért Flynn és segítője Eve Baird (Rebecca Romijn) három új könyvtárost keres (Lindy Booth, Christian Kane, John Kim), akik segítségével megmenthetik a Földet. Veszélyek és komoly feladatok várnak hőseinkre, és sokszor úgy tűnik, nincs kiút. A sorozat tele van akcióval és rejtélyekkel, de a vidámság is helyet kap, így garantáltan az egész családot a tévé elé szegezi.

Kirsten Clark, a Caltech hallgatója, akinek temporális diszpláziája van, azaz nem érzékeli az időt. Kirsten találkozik Maggie Baptiste-tel, aki elmondja Kirstennek, hogy állapota kulcs lehet a titkos kormányzati programjában, ahol az összefűző technológia segítségével nemrég elhunyt emberek tudatába és emlékeibe merülnek bele a bűncselekmények megoldása érdekében. A csapat és Kirsten első feladat, hogy Peter Brandt el emlékeiből rájöjjön, ki- és hova rak bombákat a városban. Miután megtalálta a tettest, Maggie elmondja Kirstennek, hogy nyomai vannak a biológiai apjáról, aki az "összefűző" technológia egyik megalkotója volt.

Mister Tachyon travels the world to explore ideas that exist on the fringe of science.