Sasahara Kanji jest studentem pierwszego roku, który postanawia dołączyć do społeczności studenckiej, aby podzielić się swoimi ukrytymi przemyśleniami na temat mangi, anime i gier. Kiedy po raz pierwszy odwiedził Genshiken, skrót od „Gendai Shikaku Bunka Kenkyuu Kai” (Towarzystwo Studiów nad Nowoczesną Kulturą Wizualną), jego duma została zniszczona przez spisek Madarame, studenta drugiego roku w Genshiken, ale nadal nie chciał przyznać że jest otaku.

Ponieważ jednak bierze udział w działaniach społecznych, takich jak odwiedzanie sklepów dojin (prywatne wydawnictwa), festiwali anime i spędza czas z innymi członkami społeczeństwa: Kosaką (chłopakiem, który mimo swojego pięknego wyglądu jest hardcorowym otaku), dziewczyną Kosaki, Kasukabe Saki (która nie jest tak naprawdę otaku), Ohno (cosplayerką), otwiera umysł i postanawia, że ​​uda mu się dotrzeć do świata otaku. Z ich pomocą, Sasahara powoli dostosowuje się do życia otaku w Genshiken.

A mockumentary featuring an animated tale of an average person who slowly becomes an otaku (obsessive fanatic) and eventually becomes the "Otaking"! Between story segments, live action interviews with fictional die-hard otakus take place.

Doujin Work follows the life of a young girl named Najimi Osana and her exposure into the doujin world. She was first tempted into becoming a doujin artist after seeing how much one of her friends can make at a convention. Najimi loves to draw, though soon learns contrary to what she expected that this new world is anything but easy. As she attends more conventions and meets more people, Najimi eventually manages to find a group of very interesting friends. These friends already have some experience in the field and help her out along the way so that she can someday make a name for herself creating doujinshi.