Fa quinze anys, en Keitaro Urashima va conèixer una noia i li va prometre que ingressarien junts a la Universitat de Tòquio. Ara, per mantenir la seva promesa, ha d'aconseguir ingressar en un altre lloc. Un dia se li acudeix una idea genial: podria viure i treballar unes hores al dia a la fonda de la seva àvia. Però resulta que la fonda ha estat transformada en una residència d'estudiants femenina. En Keitaro, un cop dins, topa amb una noia a la font termal a l'aire lliure i tres de les residents l'empaiten perquè creuen que només ha entrat al centre per veure noies despullades. La Hanura, la tia de Keitaro, el salva de les perseguidores, l'informa que la seva àvia s'ha agafat unes vacances i el posa a treballar de conserge de la residència.

Konohana Kitan is the heartwarming story of a new apprentice named Yuzu, and the other fox girls who work at a hot spring hotel called Konohatei. The staff at Konohatei live by one belief: no matter who one may truly be, no matter what, anyone who is a guest is a god. Of course, that includes you. Let the hospitality of Yuzu and the Konohatei heal your tired soul.

The story centers around Yoshizou Yukawa, a major hot spring fan who finds hidden springs to revitalize the economy of the local area. However, he dies after falling off a cliff and is transported to an alternate world, thanks to an inari deity of harvest at a small shrine nestled in the rocks. Together with the inari's attendant princess Mayudama, he continues searching for storied hot springs, only this time in the alternate world. Along the way, he ends up naked in hot springs with furry-eared girls and elven girls.