背景設定在鍊金術相當發達的世界。愛德華·愛力克和他的弟弟阿爾馮斯十分思念亡故的母親，為了再次見到母親的微笑，而進行鍊金術中最大的禁忌「人體鍊成」──亦即讓死者復活的鍊成術──可是鍊成失敗時的反彈效應，愛德付出「過路費」左腳、阿爾則失去全身。為救回弟弟，愛德犧牲自己的右臂作為代價，將弟弟的靈魂固定在一副鎧甲上；而失去的右臂和左腿則由鋼製義肢「機械鎧」來替代，因此在取得國家鍊金術師資格時、大總統給予「鋼」的稱號，人們稱之為「鋼之鍊金術師」。大陸曆（相當於公曆）1911年，愛力克兄弟為取回他們所失去的一切，開始踏上了旅程。

愛德華·愛力克及弟弟阿爾馮斯十分思念亡故的母親，進行人體鍊成失敗而付出代價，愛德失去左腳、阿爾則失去全身；為救弟弟，愛德以右手為代價，拉回阿爾的靈魂固定在鎧甲上。他們為回復身體，開始踏上尋找賢者之石的旅程……

因愛德裝上鋼製義肢「機械鎧」，所以在取得國家鍊金術師資格時、大總統給予「鋼」的稱號，人稱「鋼之鍊金術師」。

當代的紐約市中確實有魔法存在，只是常人看不到。丹尼爾·斯貝爾龐德 (Daniel Spellbound) 倒是知道魔法位在何方，他平常以「追蹤」稀有魔法寶物維生，某天意外發現一個珍貴古物，卻因此被一幫惡人盯上，魔法世界也因而面臨存亡危機。

萊莎是一位住在這個處處受限又無趣的村落，「再普通不過的農家女孩」，只是她對自己的現況並不滿意。某天，她和青梅竹馬蘭托和塔奧一起悄悄坐上小船，前往島的對面，展開了她人生的第一場冒險。在那裡她遇到了一位男人，使用著名為「鍊金術」的神奇力量。受到那股力量吸引，萊莎懇求對方教她鍊金術。就這樣，「再普通不過的農家女孩」變成了「鍊金術士」。跟至今以來的打鬧嬉戲不同，他們就此展開了只屬於自己的「僅限今夏的冒險」——