X檔案是聯邦調查局的一個部門，那裡面貯存著幾十年來遇到的無法解釋的超自然現象案件，兩位聯邦調查局探員追查一樁又一樁非同尋常的案件。

特別探員Fox Mulder在牛津大學修完心理學後，被調查局僱用，事業正一帆風順時，他卻突然將全部精力轉向了超自然事件。他對於X檔案中所隱藏真相的追尋著了迷，開始了全身心的調查工作。

特別探員Dana Scully在工作的過程中，看到了許多無論科學或是邏輯都解釋不通的事情，她的信仰受到了考驗，她漸漸開始相信外星生命的存在。

A recently unearthed repository of materials formerly classified by the secret government....The Phenomenon Archives.

This series covers the taboo subjects which have had light shed on them by pouring over the materials in this repository.

位於偏遠小鎮的隈川醫院，很長一段時間內靈異弔詭傳說甚囂塵上。據傳該醫院的舊病棟曾有女子的鬼影出現，名叫石川的年老攝影師（高橋長英飾）更曾拍下一度被周刊編輯封禁的靈異照片。反觀醫院方面，醫護人員三緘其口，護士長木藤純子（森脅美理子飾）嚴禁麾下護士談論此事，而作為研修醫生的院長公子隈川朝陽（大和田健介飾）既認為無需箝制言論，同時也不大相信鬼怪之事。在醫護人員中間，絲毫沒有任何存在感且唯唯諾諾的新人護士尾神琉奈（夏帆飾）是一個獨特的存在，她自幼擁有靈視的能力，卻因此擁有不堪回首的過去。

舊病棟的鬼影在她周遭交替出現，陰氣十足的醫院內，匪夷所思的事件連番襲來……