Naruto Shippuuden knüpft direkt an die Rückkehr Narutos und seines Lehrers Jiraiyas von ihrer Trainingsreise an. Zweieinhalb Jahre sind seitdem vergangen. In Shippuuden erlangt die geheime Ninja-Organisation Akatsuki mehr und mehr an Bedeutung, denn diese ist hinter Naruto bzw. dem in ihm wohnenden Dämon her. Zusammen mit seiner Freundin Sakura und dem Meister Kakashi ruft Naruto das Team Kakashi ins Leben. Und so nimmt der Kampf zwischen den beiden rivalisierenden Teams seinen Lauf.