Vivant dans un futur pas si lointain, un couple de New York se lance dans une aventure folle vers la parentalité après avoir obtenu une place convoitée au Centre de la Matrice, qui offre aux couples une grossesse pratique et partageable grâce à des utérus artificiels détachables, ou des capsules.

Après la perte de son mari, Evan, Faye cherche du réconfort en utilisant un simulant androïde, ou SIM, créé à son image. Bien que presque identique à son mari, Faye ne peut se résoudre à aimer l'androïde de la même façon qu'elle aimait son mari. Cependant, l'androïde est bien déterminé à gagner son cœur.

À Metropolis, une cité futuriste, humains et robots cohabitent, mais vivent dans des espaces bien délimités… Dans une atmosphère baignée par la musique de jazz, cette cité est le théâtre d'une enquête de police menée par un inspecteur japonais et son jeune neveu, Kenichi, au sujet d'un savant accusé de trafic d'organes, le docteur Laugthon, et qui va s'avérer être au service de l'homme le plus puissant de la ville. Celui-ci utilise les services du savant pour créer un robot ultra-moderne, ayant l'apparence d'une petite fille, Tima. Ce robot est la clé d'une arme secrète destinée à lui assurer la domination du monde, la Ziggurat, une haute tour à l'image de la tour de Babel, conçue pour égaler Dieu.

Dans un futur pas si lointain, les androïdes sont devenus d'usage normal, tel que les humains les traitent comme des objets de tous les jours. Néanmoins, certaines personnes sont attirées par ces androïdes à cause de leur apparence humaine (mis à part l'anneau flottant au dessus de leurs têtes) et ceci est devenu un problème de société. Un jour, Rikuo, qui prenait les robots pour choses acquises, découvre que son androïde domestique, Sammi, agit bizarrement et trouve une phrase enregistrée dans son journal d'activité. Avec son ami Masaki, il décide alors de suivre Sammi et tombe sur un café inhabituel, où la première règle est de ne pas faire de différence entre humains et androïdes.