2039年、人类由暖化伴随的海面急剧上升、在陆上失去了庞大版图。

犹如与其呼应、云缠雾绕的谜之军舰群“雾之舰队”出现在世界各地的海洋、以搭载之超兵器开始攻击人类船舰。

人类投入持盈履满的战力、面临最终决战"大海战"、反在"雾"的压倒性武力前脆弱地落败。

全海域、搬运途径都遭"雾之舰队"封锁、政治经济於是崩坏、人类走回疲弊一路───────

自"大海战"後七年。

士官候补生・千早群像面前浮现了"雾之舰队"的潜水舰"I-401"。

该是敌人的"I-401、会对与其MENTAL MODEL"IONA"相逢之群像、以及人类带来什麼呢？