Une mystérieuse flotte de navires surarmés appelée « La Flotte du Brouillard » est soudainement apparue dans toutes les mers du monde. L’humanité n’ayant pas la technologie nécessaire pour rivaliser contre une telle flotte, s’est retrouvée chassée des mers…

17 ans après la défaite de l’humanité, Gunzou Chihaya et son équipage, à bord du I-401, partent affronter la flotte du brouillard avec l’aide de l’intelligence artificielle, Iona.