《星际迷航：航海家号》是《星际迷航》系列剧中的第五部，其剧情发生在其《星际迷航：深空九号》之后《星际迷航：复仇女神》之前。

星历48038.5（公元2371年），联邦星舰航海家号在凯瑟琳·珍妮薇舰长的指挥下起航，她接到的第一个任务是寻找一艘在天棘区失踪的马奇游击队飞船，不料同游击队一起被名为”守护者“的外星生命体传送至银河系的另一端——德尔塔象限中。在此之间，航海家号失去了一些船员，其中包括大副、舵手、轮机长及所有的医护人员。

”守护者“死后，为了阻止贪得无厌的外星人占据传送阵列，进攻原本处在”守护者“呵护下的奥康帕人，珍妮薇舰长下令摧毁了传送阵列……

为了返回阿尔法象限，舰队军官们与游击队通力合作，开始七万光年、七十五年的回家旅程。马奇船的舰长查可泰成为了航海家号的大副。人类与克林贡混血儿贝拉娜·朵芮丝成为了主轮机长。杜沃克卸掉了潜藏在马奇船中的星际舰队间谍的伪装，恢复了他作为总安全官的职务。前囚犯汤姆·派瑞斯成为了舵手，而紧急医疗全息程序成为了主医官。

在第四象限，航海家号还接受了泰莱克斯人尼利克斯和他的奥康帕女朋友凯丝也作为本地的向导与厨师登舰。在第四季中，船员中还增加了一名从集合体中解放出的博格个体九之七。

对于星际联邦来说，第四象限是全然未知的领域。在回家的途中，航海家号遭遇了一系列的敌对种族，其中有盗取器官的维汀人、好战的卡松人、游牧的希罗吉恩猎手、博格人与来自液态空间的8472种族。同样，他们也遭遇了许多危险的宇宙异象