Letopočet se momentálně zaseknul na čísle 2071 a zářivá budoucnost stále nikde. Lidstvo si zatím krátí čekání na světlé zítřky osidlováním Sluneční soustavy, k čemuž mu pomáhají obří teleporty umístěné na oběžných drahách. Éra kolonizace vesmíru ovšem víc než co jiného připomíná divoký západ s meziplanetárními bandity, smrtícími kráskami a pistolníky s přesnou muškou. Tímto světem líně proplouvá kosmická loď Cowboy Bebop, jejíž posádku tvoří věhlasná parta nejdrsnějších lovců odměn - bezstarostný dlouhán Spike Spiegel, ostřílený bývalý polda Jet, kráska s temnou minulostí Faye Valentine, nezletilá hackerka Ed a inteligentní pes Ein.
Příběh se odehrává v 70. letech v Southwestu. Hlavním hrdina se živí jako řidič pro sílící krimi syndikát, který začínal jako příšerný, ale vyvinul se do široce, stupidně a nebezpečně příšerného.
Nenápadná uklízečka zoufale hledá svého manžela. Řádění obávaného gangu jí ale připomene vlastní rodinné tragédie, a ona se proto rozhodne vzít věci do svých rukou.