Спеціального агента загону «Місія неможлива» Ітана Ганта та його колег несправедливо звинувачують у причетності до вибуху кремля. Президент ініціює «Протокол Фантом», в результаті якого формально ліквідують спецпідрозділ, а Ітан залишається без будь-якої підтримки. Він має намір повернути своє добре ім'я і запобігти новій атаці, але робити це йому доведеться разом з командою колег, істинних мотивів яких він до кінця не знає.

Смарт (Агент 66) працює в американській розвідслужбі «Контроль» і мріє про складні і небезпечні шпигунські будні, але ніяких відповідальних завдань йому не доручають, поки одного разу штаб-квартира «Контролю» не піддається нападу терористів із злочинного синдикату «Хаос». Особи всіх таємних агентів «Контролю» тепер розсекречені і Шефу організації не залишається нічого іншого, як довірити недосвідченому Смарту складне завдання – покінчити з «Хаосом». Допомагати і наглядати за Смартом доручають надійній, і головне, симпатичній співробітниці «Контролю» – агенту 99.

Колишній співробітник ЦРУ продовжив свою кар’єру в політичній сфері. Йому належить з’ясувати, що насправді відбувається в джунглях однієї з «бананових республік» Південної Америки. За деякими даними, там відбуваються масові вбивства і пригнічується місцеве населення. Головна героїня допоможе політику дізнатися правду …