Ez nem csak egy újabb küldetés. Az Impossible Mission Force-ot leállítják, amikor felmerül a gyanú, hogy közük van egy globális terrorista összeesküvéshez. Beindul a Fantom Protokoll, és Ethan Huntnak és új csapatának be kell épülnie, hogy tisztára mossák a szervezet nevét. Nincs segítség, nincsenek összekötők, fű alatt kell akcióba lépniük. Ennél durvább és ennél intenzívebb küldetést még senki sem látott.

Az Egyesült Államok kémközpontjába behatolnak az ördögi KAOS emberei, így az USA összes ügynöke egyszerre bukik le. A cég feje (Alan Arkin) mégsem hajlandó rábólintani a kudarcra. Mivel elemzője, Maxwell Smart (Steve Carell) világ életében ki szerette volna próbálni, milyen az ügynökök élete, jobb híján őt veti be. De a verhetetlen szuperügynök (Dwayne A szikla Johnson) helyett kénytelen az utolsó olyan emberét adni mellé társul, aki még a homályban maradt. A halálos veteránt, kódnevén a 99-est (Anne Hathaway). Smart és a 99-es egyre közelebb kerül a KAOS-hoz és ügynöktársához. Az előzőről szörnyű tikok, az utóbbiról szintén szörnyű titkok derülnek ki. Az idő lassacskán lejár. Ha a KAOS-t nem állítják meg, gonosz főnöke végrehajthatja szörnyű tervét. A lelkes amatőr és a lelketlen profi együtt igyekszik megmenteni a világot.

Ecuador dzsungeleiben vér szennyezi a vizeket. Egy multinacionális nagyvállalat szövetséget kötött az ország könyörtelen uraival, és azzal sem törődik, ha ezért számtalan ártatlan embernek kell meghalnia. Az igazságot csakis a lázadó Francisco Francis (Forest Whitaker - Szellemkutya, Az utca királyai) és harcra kész felesége, Mia (Eva Longoria - Született feleségek tévésorozat) fedheti fel a világ előtt. Szerencséjükre egy volt CIA-ügynök (Andy Garcia - Manhattanre leszáll az éj, Ocean?s Eleven - Tripla vagy semmi) vállalja, hogy megvédi őket és segít nekik. Francisco bármi áron le akarja rántani a leplet a borzasztó titokról; nem sejti, hogy védelmezője elhallgat valamit: megvan a maga oka, amiért az ügy mellé állt.