Après avoir été impliquée dans un complot terroriste mondial, l’agence Mission Impossible est contrainte de cesser ses activités. Le Protocole Fantôme est mis en place : Ethan Hunt et sa nouvelle équipe doivent opérer dans le secret pour blanchir le nom de leur organisation. Aucune aide, aucun contact, isolation totale. Cette mission va s'avérer être la plus dangereuse et la plus intense qu'ils aient eu à remplir.
Après que le quartier général de l'agence de renseignement américaine CONTROL a été attaqué par l'association de criminels KAOS, l'identité de ses agents est compromise et le Chef n'a d'autre choix que de donner une promotion à Maxwell Smart, un analyste qui a toujours rêvé de travailler sur le terrain aux côtés du célèbre agent 23. Au lieu de cela, Max se voit assigner pour partenaire l'adorable mais redoutable agent 99. Avec une formation minimum, notre agent, armé seulement de quelques gadgets high-tech et de son enthousiasme délirant va devoir faire échouer les plans de Siegfried, le chef de KAOS. James Bond n'a plus qu'à bien se tenir.
Dans les jungles de l'Équateur, du sang souille les eaux. L'alliance monstrueuse d'une multinationale avec le régime militaire sanguinaire a résulté en un massacre. Seul le rebelle Francisco Francis (Forest Whitaker, Repo Men) et sa femme résolue, Mia (Eva Longoria, série TV « Desperate Housewives »), peuvent révéler la vérité. Afin de payer une dette personnelle, Jack Begosian (Andy García, Ocean's 13), un ancien agent de la CIA, accepte la mission de secourir Francisco et risque tout dans une lutte brutale pour exposer le complot.