Έχοντας κατηγορηθεί για μια βομβιστική, τρομοκρατική επίθεση στο Κρεμλίνο, ο πράκτορας της IMF Ίθαν Χαντ και η ομάδα του αποκηρρύσονται με τον Πρόεδρο να θέτει σε εφαρμογή το Πρωτόκολλο Φάντασμα. Μη έχοντας πηγές ή όποια άλλη υποστήριξη ο Ίθαν πρέπει αφενός να αποκαταστήσει το όνομα της ομάδας του και αφετέρου να αποτρέψει μια νέα επίθεση. Έτσι, ο Ίθαν ξεκινά άλλη μια επικίνδυνη αποστολή έχοντας στο πλευρό του και κάποιους άλλους επικηρυγμένους από την IMF, των οποίων τα κίνητρα δεν είναι και τόσο αθώα ή προφανή.

Ο Μάξγουελ Σμαρτ έχει την ιδιαίτερη αποστολή να ανατρέψει το τελευταίο εγχείρημα για παγκόσμια κυριαρχία ενός συνδικάτου εγκλήματος με τον φλεγματικό τίτλο ΧΑΟΣ. Όταν τα κεντρικά γραφεία της αμερικανικής υπηρεσίας κατασκοπίας ΕΛΕΓΧΟΣ δέχονται επίθεση και οι ταυτότητες των πρακτόρων υποκλέπτονται, ο Αρχηγός δεν έχει άλλη επιλογή, από το να δώσει προαγωγή στον αναλυτή Σμαρτ να συμμετάσχει στη μάχιμη αποστολή, δίπλα στον διάσημο πράκτορα 23. Συνεργάτης του σ` αυτή τη ζόρικη δουλειά θα είναι η θανάσιμη πράκτορας 99. Οι δύο τους, χωρίς ολοκληρωμένη εκπαίδευση κι οπλισμένοι με τον αχαλίνωτο ενθουσιασμό τους, πρέπει να αποτρέψουν τα καταστροφικά σχέδια του ΧΑΟΥΣ και του αρχηγού του, Ζίγκφριντ.

Ο Τζακ Μπεγκοσιάν είναι πρώην πράκτορας της ΣΙΑ και τώρα παρουσιάζει ένα πολιτικό talk-show στην τηλεόραση. Η συγγενής μιας μεγάλης εργολαβικής εταιρίας του προβάλει μια ιστορία και ζητάει τη βοήθεια του για να την ξεσκεπάσει. Η εν λόγω εταιρία λαδώνει πολιτικά στελέχη και παίρνει δικαιώματα άντλησης νερού από χώρες του τρίτου κόσμου, κερδίζοντας χρήματα από τον τοπικό πληθυσμό. Τίποτα δεν σταματά την εταιρία, με αποκορύφωμα τη σφαγή ενός ολόκληρου χωριού στον Ισημερινό.