I 1979 stormer militante styrker USA's ambassade i Teheran og tager gidsler. Men seks amerikanere når akkurat at undslippe og gemme sig i den canadiske ambassadørs hus. Tilbage i USA udtænker CIA-specialisten Tony Mendez en utraditionel redningsaktion. Han samler et hold hollywood-veteraner og tager dem med til Iran under dække af at være producer, der jagter locations til en science fiction-film!
Jason Bourne, tidligere lejemorder for CIA, vil bare gerne være i fred, men det ønske har hans tidligere arbejdsgivere ikke tænkt efterkomme! De vil tværtimod gøre alt for at få fat i Jason - og skaffe ham af vejen. Da en engelsk avis bringer historien om ham, bliver han endnu engang tvunget ud af sit skjul. Endnu engang er han jaget vildt. Men pludselig får han uventet hjælp fra CIA-agenten Nicky Parsons.
Skuffet og desillusioneret er finskytten Bob Lee Swagger flyttet ud i ødemarken efter sin tid i militæret. Modvilligt siger han ja til at forhindre et forestående attentat. Men han havner i sit livs mareridt, da han bliver anklaget for at prøve at snigmyrde USA's præsident. Kan han finde de rigtige gerningsmænd og afsløre den virkelige konspiration, inden det er for sent?
Jason Bourne, der er blevet reddet med to kugler i ryggen, har fået totalt hukkommelsestab. Det går snart op for ham, at han bliver nødt til at finde ud af, hvem han er for at overleve. Han jages af mordere i et kapløb med tiden, samtidig opdager Bourne hurtigt, at han også har et udpræget dræberinstinkt.
Den dygtige og tjekkede CIA-agent Kevin Rope er ved at afslutte en hemmelig mission, der skal holde atomvåben uden for det sorte marked, da han pludselig myrdes. Da tiden er knap, vælger CIA at indsætte Kevins forsvundne tvillingebror Jake i stedet. Jake er imidlertid sin afdøde brors store modsætning, så det bliver noget af en udfordring at optræne ham til at blive hemmelig agent.
Cross er en gammel mand hos CIA, som ofte slår sig sammen med franskmanden Jean "Skorpion" Laurier, en talentfuld freelance-medarbejder. Efter deres sidste mission sammen, beordrer CIA Skorpionen til at eliminere Cross, hvilket efterlader ham intet andet valg end at adlyde.