Mergulhado num turbilhão de terror e conspiração, o atirador solitário entra numa corrida contra o tempo para provar a sua inocência, mesmo quando se vê perseguido por elementos das mais variadas agências da autoridade do país, bem como por uma organização duvidosa numa caça impiedosa ao homem, destinada a destruir os segredos que este, inadvertidamente, descobrira…
Um homem é salvo no mar pela tripulação de um barco de pesca italiano. Meio morto e completamente amnésico, não tem qualquer lembrança do passado ou documento de identidade. No entanto, fala várias línguas e possui uma série de conhecimentos de luta e autodefesa que deixam adivinhar um passado perigoso. O homem lança-se então numa busca pela sua verdadeira identidade, ajudado inicialmente pela rebelde Marie - para descobrir quem é realmente e porque motivo tantas pessoas desejam vê-lo morto...
Contactado por um jornalista, Jason Bourne vai tentar escapar à perseguição de um novo director da CIA, à medida que descobre a existência de um novo programa de assassinos - a Operação Blackbriar - e tenta descobrir mais sobre o seu passado e a forma como se tornou um operativo da CIA.
Em 4 de Novembro de 1979, quando a revolução iraniana atinge o seu ponto de ebulição, militantes invadem a embaixada dos Estados Unidos da América em Teerão e fazem reféns. Mas, no meio do caos, seis americanos conseguem escapar e encontrar refúgio na casa do embaixador canadiano. Sabendo que é só uma questão de tempo até serem encontrados e mortos, um especialista da CIA chamado Tony Mendez surge com um plano arriscado para fazê-los sair do país em segurança.
Oakes e Kevin Pope são dois agentes de alto nivel da CIA que trabalham há muito tempo para interceptar uma arma nuclear guardada numa mala que caiu nas mãos erradas. Oakes e Pope são muito próximos, e é por isso que o primeiro fica realmente afetado quando seu parceiro é assassinado nove dias antes da venda da arma. Para que a missão não vá para o lixo, a CIA decide encontrar Jake, irmão gêmeo de Kevin.
Cross is an old hand at the CIA who often teams up with Frenchman Jean “Scorpio” Laurier, a gifted freelance operative. After their last mission together, the CIA orders Scorpio to eliminate Cross, leaving him no choice but to obey.