大好きな家族がいて、親友がいて、時には笑い、時には泣く。見滝原中学校に通う中学二年生・鹿目まどかも、そんな日常の中で暮らす一人。ある日、彼女に不思議な出会いが訪れる。それは、彼女の運命を変えてしまうような出会い――それは、新たなる魔法少女物語の始まり――

あなたには、世界はどう見えているんだろう 扉をひらくカギを手にした二人のヒロイン、パピカとココナ。 少女と少女は出会い、そして別の時間、 異なる空間「ピュアイリュージョン」での冒険が始まる。 願いを叶えてくれるという”ミミの欠片“を求め、 ピュアイリュージョンを巡る二人の前に様々な困難が立ちふさがる。 二人に危機が迫ったとき“ミミの欠片”が輝き、 そして彼女たちは変身するのだった。

結城友奈（ゆうきゆうな）は朝起きて、支度して、学校へ行き、授業を受けて、部活して、友達と遊んで…。そんな普通の日常を過ごしている中学２年生。あえて特殊な点をあげるなら、彼女の所属する部活は「勇者部」。その活動内容とは？不思議な存在、バーテックスとは？神世紀３００年、少女たちの物語―。