Ella tiene una familia amorosa y mejores amigos, se ríe y llora de vez en cuando ... Madoka Kaname, estudiante de octavo grado de la escuela intermedia Mitakihara, es una de esas personas que vive una vida así. Un día, ella tuvo un encuentro muy mágico. Ella no sabe si sucedió por casualidad o por el destino todavía. Este es un encuentro fatídico que puede cambiar su destino. Este es el comienzo de la nueva historia de las brujas mágicas.

Cocona es una estudiante modelo, aunque demasiado cauta y reacia a aprovechar nuevas oportunidades. Esto hace que la aparición de una misteriosa chica llamada Papika le complique la vida cuando ambas acaban en una especie de mundo desconocido y con la misteriosa chica buscando un cristal en concreto. Sin embargo, la situación acabará despertando algo en el interior de Cocona, que podrá transformarse en un ser similar a una hada y con ello viajar por el mundo de "Pure Illusion".

La historia toma lugar en la era de los dioses, año 300. Yuuna Yuuki vive una vida ordinaria como estudiante de segundo año de secundaria, pero también es un miembro del “Club de Héroes”, donde las actividades de este club tienen que ver con tratar con un misterioso ser llamado “Vertex.”