昭和58年夏。昼にはセミの、夕暮れにはひぐらしの合唱が暑さの訪れの早い今年の6月を歓迎するかのように、雛見沢に木霊していた。都会から遠く離れた山奥にある寒村、雛見沢。人口2千に満たないこの村に、最近都会から引っ越してきた前原圭一。明るくて話上手な圭一は、学校でもすぐに周りのクラスメートと仲良くなった。一番の仲良しで世話好きなレナ、リーダー格で委員長の魅音、トラップの達人で下級生の沙都子、古手神社の娘であり、不思議な雰囲気の持ち主の梨花・・・仲間との他愛のない日常を過ごしていた。それは、永遠に続くかに思えた。毎年6月に行われる祭、｢綿流し｣。そう、その日も楽しい一日になるはずだった。雛見沢にまつわる、ひとつの謎を知るまでは・・・。祭りの日に、繰り返される惨劇。毎年、一人が死に、一人が行方不明になるという、数年前から始まる連続怪死事件。事件の真相は？犯人は?圭一は、好奇心から村の闇へと足を踏み入れてしまう。その日を境に、圭一の周りが少しづつ、だが、確実に変わりはじめる。そう、すべてが・・・ひぐらしのなく声だけが変わらず、雛見沢に、少し、早めの夏を告げていた。

二角奇人（ディクロニウス）は、人間の突然変異体･･････頭から生えた角を持ち、第6感とも言える特殊な能力と手を持っていた。人類を淘汰する可能性をも秘めた彼らミュータントたちは、その危険な能力のため、国家施設に隔離、研究されていた。しかし、偶発的事故により、ディクロニウスの少女ルーシーは拘束を破り、警備員らを殺戮、研究所を逃げ出す。が、その途中で記憶喪失となってしまう。過去と記憶を無くしたルーシーは、鎌倉・由比が浜に流れ着くが、その浜辺でコウタとユカに出会い、「にゅう」と名付けられ、コウタの住む楓荘に居候することになる･･････。