RU9SU è una città semi abbandonata ed in rovina, in cui l’unica legge è quella di Orugano, un organizzazione che si fa di certo pochi scrupoli con gli abitanti di questo luogo. In questa società è facile morire, così come è facile essere mutilati. Per curare tali ferite è necessario ricorrere ai Texhnolyze, arti artificiali estremamente evoluti che si fondono con il corpo e con la mente della persona…

Rin Asōgi, che ha un ufficio di detective a Shinjuku insieme alla sua assistente Mimi, incontra Kōki Maeno mentre era alla ricerca di un gatto randagio. Il ragazzo afferma di avere i propri ricordi distorti, come se non gli appartenessero veramente. Procedendo con le indagini Maeno viene ricollegato alla Aoyama Pharmaceutical, dove il ragazzo scopre di essere solamente un clone sviluppato in laboratorio. Anche se dapprima sembra aver scelto la strada del suicidio, si presenta il giorno seguente allo studio di Rin per chiedere di diventare il suo partner.