Giunti nella valle incantata, i piccoli amici dinosauri dovranno abbandonarla nuovamente per andare alla ricerca delle uova scomparse dal nido della mamma di Ducky, rubate da alcuni struziomimi.

Il famoso paleontologo Alan Grant (già conosciuto nel primo Jurassic Park) è in cerca di fondi per degli studi sui Velociraptor e sull'evoluzione della loro intelligenza. L'occasione perfetta si presenta con il milionario Paul Kierby che in cambio di un tour su Isla Sorna gli offre un lauto assegno. Niente di pericoloso, se non che l'aereo che cui stanno viaggiando precipita sull'isola e i malcapitati si trovano imprigionati sull'isola.