Cette série raconte les aventures de trois amies adolescentes : Alex, Clover et Sam. Étudiantes dans la vie de tous les jours, elles sont en réalité agents secrets ; c'est-à-dire des espionnes professionnelles qui travaillent pour le WOOHP, une organisation secrète de protection de l'humanité. Lorsque leur patron Jerry a besoin de leurs services, il les envoie en mission, après leur avoir fait revêtir des combinaisons intégrales moulantes en latex coloré (jaune pour Alex, rouge pour Clover et verte pour Sam) et fourni des gadgets, qui les aideront à mener à bien leurs enquêtes.

Au XIXe siècle, l'histoire de deux destinées qui se croisent : celle d'un orphelin en quête d'identité généalogique, Pedro da Silva, interne dans un collège religieux ; et celle du Père Dinis, un prêtre, autrefois aristocrate libertin, qui élève Pedro comme son fils. À partir d'un telle rencontre, l'évocation d'un tourbillon de récits, d'aventures et de personnages nous entraîne dans un voyage mouvementé à travers le monde et les années.