2005年日本的沖繩，被宮城喬治收作養女的高中生音無小夜，每天過著平靜的日子。她唯一所缺少的是一年多以前的記憶，而平靜的生活也因神秘吸血智慧生物「翼手」的出現開始改變。

而哈吉則是一位身著黑色的衣服，演奏大提琴的謎樣青年。當他將一把與小夜命運與共的武士刀交給少女小夜之時，歷史的車輪終於開始滾動。

故事以小夜和翼手之間的戰鬥以及追尋小夜的身世之謎為主線，講訴了小夜等人在世界各地的冒險經歷，分成「沖繩篇」、「越南篇」、「俄羅斯篇」、「法國篇」、「英國篇」、「美國篇」六個部分。

故事述說一位名叫百鬼丸的男孩，因為父親醍醐景光夢想稱霸亂世，於是在地獄堂與四十八隻魔神做出約定，將自己第一個出生的孩子的身體，分為四十八個部份，讓四十八隻魔神拿走。被親生父母遺棄在木桶中的百鬼丸飄流在河上時，遇見一位好心的醫生壽海。壽海以木頭和瓦片，替百鬼丸做了身體殘缺的部分和手腳，百鬼丸長大後為了拿回自己的身體，開始踏上討伐魔神的道路，途中遇上女扮男裝的小偷多羅羅，二人在亂世中展開與四十八隻妖怪戰鬥的冒險旅途。

就讀於擁有悠久莊嚴歷史的聖瑪格麗特學園的留學生東方少年久城一彌，某天他在學園圖書館塔上方、綠意盎然的溫室內與一位身著華麗服裝、猶如洋娃娃般美麗的少女——維多利加相遇。維多利加擁有如偵探一般聰明的頭腦和敏銳的洞察力，只要在她所到之處，再怎麼離奇的謎團都會被解開。之後維多利加與久城一彌遭遇了種種怪異離奇事件，那麼他們又該怎麼解決這一系列的難題呢？

故事發生在虛構的、在廢棄堆填區上興建的未來城市－洲籠市。這個城市曾經發展急促，但現在人口正逐年減少。

在暑假前數天，一位神祕又無表情的女子－園崎法子告訴他的同學阿形勝平，他被選為一位「羈絆者Kiznaiver」，因為他感覺不到疼痛。他們一起體會到共享疼痛的羈絆。這種羈絆可讓勝平分享他的痛以及聯繫與他生活、性格都不同的的同學。而他的同學，包括法子在內，都是不同的「羈絆者」。

這個羈絆系統的最終目標是透過傷痛連接眾人回憶及經驗，創造世界和平。當一位羈絆者受創傷時，系統會把他／她的痛苦轉移到其他的羈絆者身上。勝平的同學們承擔彼此的痛苦，而法子負責分配大家的任務。

主人公鑢七花是「虛刀流」的第七代掌門人，和姐姐鑢七實二十年一起在不承島生活。有一天他被專門造訪的奇策士咎說服離島，開始尋找傳說的刀匠「四季崎記紀」所打造的最好的十二把刀。