Hikaye her zaman suya dalmayı ve içinde yüzmeyi sevmiş bir çocuk olan Haruka Nanase’nin etrafında döner. İlkokuldan mezun olmadan önce, o yüzme kulübünün diğer üyeleri Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki ve Rin Matsuoka ile birlikte bir yüzme turnuvasına katılmıştır. Zafer elde ettikten sonra, çocukların her biri kendi yollarına gitmiştir. Zaman geçmiştir, olaysız lise hayatlarının ortasında Rin ortaya çıkar ve Haruka’ya bir maç için meydan okur, Haruka ona ezici gücünü gösterir. Böyle sona ermesini istemeyen, Haruka bir kez daha Makoto ile Nagisa’yı bir araya toplar ve Rei Ryugazaki adlı yeni üyeyi ikna edip Rin’i yenmek amacıyla Iwatobi Lise Yüzme Kulübünü oluşturur.

Reality and fantasy seem to be breaking down for student Kyo Sogoru. Is he really a smart but unpopular swim enthusiast at Maihama High School, or is he a pilot of a giant robot in a war-devastated world? Which life is real and which is fantasy?

Higashigaoka High School’s male swimming club presently has only three second-year members – leader Sakaki Shuhei, Shinozuka Daiki and Koganei Haruyoshi. They welcome the new school year with the aim of getting members.