Μια κρυφή ζωολογική ομάδα, παρακολουθεί από κοντά την εξέλιξη και τη δράση μυθικών πλασμάτων που ζουν στο βυθό της θάλασσας. Ανάμεσα σε αυτά, είναι ο Godzilla που θα βρεθεί για άλλη μια φορά και πάλι υπέρ της ανθρωπότητας, καθώς θα αντιμετωπίσει τέρατα όπως τους Mothra, Rodan αλλά και την απόλυτη νέμεση του, τον τρικέφαλο βασιλιά Ghidorah. Οι μάχες του θα παίξουν θεμελιώδη ρόλο στην ισορροπία του πλανήτη και το μέλλον της ανθρώπινης ύπαρξης.

Humanity finally rids themselves of Godzilla, imprisoning him in an icy tomb in the South Pole. All is peaceful until various monsters emerge to lay waste to Earth's cities. Overwhelmed, humanity is seemingly saved by a race of benevolent aliens known as Xiliens. But not all is what it seems with these bizarre visitors. If humanity wishes to survive, they must reluctantly resurrect their most hated enemy, Godzilla.

At the turn of the century, all of the Earth's monsters have been rounded up and kept safely on Monsterland. Chaos erupts when a race of she-aliens known as the Kilaaks unleash the monsters across the world.