Een jaar na het legendarische gevecht tussen Godzilla en Mechagodzilla, worden de twee monsters gedwongen om samen met Mothra een ultieme titanenstrijd aan te gaan, waarbij slechts één monster kan winnen. De inwoners van Tokio hopen dat ze na deze strijd eens en voor altijd van de monsters verlost zullen zijn.

An American returns to Tokyo to try to pick up threads of his pre-World War II life there but finds himself squeezed between criminals and the authorities.